Der Bau der Eisenbahnstrecke nach Emden begann im Jahre 1852. Der erste Emder Hauptbahnhof entstand 1854 als Hannöverscher Bahnhof nach Plänen des Architekten Conrad Wilhelm Hase[3] etwa zwei Kilometer weiter östlich des heutigen Standortes, nördlich des Neuer Delft. Die Entwürfe für die Nebengebäude fertigte Albert Bolenius.

Unter der Preußischen Staatsbahn wurde die Anlage als Emden Süd zum Hauptbahnhof. Am Standort des jetzigen Hauptbahnhof lag ursprünglich die Haltestelle Larrelter Straße, ab 1935 Emden West, im Behördenviertel. Direkt daneben befand sich der Emder Bahnhof der meterspurigen Kreisbahn Emden–Pewsum–Greetsiel.